长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)是一类长度大于200nt 且不具备蛋白质编码功能的RNA 分子。LncRNA 在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。 LncRNA 测序是一种使用特定方法降低样本中 rRNA 的丰度,对富集到的 RNA 进行文库构建测序,再对数据进行信息分析的研究方法。LncRNA 测序可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA 信息,对lncRNA 的类别、功能进行全方位的深入分析,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关lncRNA 信息。

产品名称

长链非编码RNA测序 (LncRNA测序 )                 

样品要求

RNA6 μgRNA样品浓度65 ng/μl

适用情况

真核物种

测序策略

HiSeq平台

推荐数据量

10G/12G                  

分析内容

与参考基因组比对分析

转录本拼接

LncRNA的统计分析

LncRNA表达量分析及差异表达分析

LncRNA靶基因预测及功能注释与富集分析

LncRNA保守性分析

基因共表达网络分析

基因结构分析

新基因分析

重复相关性检测(有生物学重复)

基因表达量分析

基因差异表达分析

差异表达基因的功能注释及富集分析(GO/KEGG

差异表达基因蛋白互作网络

DEU分析(需生物学重复)

差异表达LncRNA-mRNA调控网络分析

项目周期

60天                  

1、长链非编码RNA 调控造血干细胞功能
Long Non-Coding RNAs Control Hematopoietic Stem Cell Function. Cell Stem Cell.
    LncRNA 在基因表达中有着重要的调控功能,但是在造血干细胞(HSCs)中的功能并不清楚。文章利用高通量测序对HSC 转录组水平进行了分析,鉴定出323 个未注释的lncRNA。通过比较它们的表达水平,有159 个lncRNA 在HSC 中是高表达,其中有些是HSC 特异性的(LncHSCs)。这些lncRNA 基因通过DNA 甲基化调控基因表达,在敲除两个LncHSCs 之后,发现两者在HSC 自我复制及分型方面有不同的作用。通过结合位点分析,发现有些是关键的造血转录因子结合位点,尤其是E2A。这些研究结果说明了lncRNA 在调控HSCs 方面具有重要的功能。

 

2、lncRNA 测序揭示特异lncRNA 在心脏发育过程中的调控作用
Transcriptome sequencing reveals PCAT5 as a novel ERG-regulated long non-coding RNA in prostate cancer.Cancer Research.
   文章基于Hiseq 测序平台,对12 个良性前列腺增生样本(benign prostatic hyperplasias,BPHs),28 个前列腺癌样本(prostate cancer,PCs)和13 个去势抵抗性前列腺癌样本(Castration-resistant prostate cancer,CRPCs) 进行RNA 测序。测序得到110M reads,通过转录本拼接、差异表达聚类分析、鉴定分析和功能验证,发现了在前列腺癌样本中存在一种受ERG 基因调控的特异性表达的PCAT5。

Copyright © 2009-2016 北京百迈客生物科技有限公司版权所有 京ICP备10042835号
公司地址:北京市顺义区南法信府前街12号顺捷大厦5层
Tel:400-600-3186; Fax:010-57045001 E-mail:tech@biomarker.com.cn