长链非编码RNA测序(LncRNA Sequencing)即是使用特定方法降低样本中rRNA丰度,构建链特异性测序文库,从而对样本中mRNA及lncRNA进行高通量测序。LncRNA测序能够对样品任意时间点或任意条件下的mRNA及lncRNA进行测序,拥有精确到单个核苷酸的分辨率。能够动态反映基因转录水平,同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本,并且提供样品特异的转录本序列结构信息。

技术路线:

产品名称

真核LncRNA测序

样品要求

RNA6ugRNA样品浓度≥65 ng/ul

适用情况

有参考基因组,适用于去除rRNA试剂盒(epicentre Ribo-ZeroTM)的物种

测序策略

HiSeq PE125HiSeq PE150

推荐数据量

10G12G Clean data

分析内容

参考基因组比对分析

mRNA分析:

基因结构分析

基因表达定量

差异表达基因分析

差异表达基因的功能注释富集分析

差异表达基因蛋白互作网络

DEU分析

PCA分析

lncRNA分析:

转录本拼接

已知lncRNA比对与统计

lncRNA预测

lncRNA序列特征分析

lncRNA差异表达分析

lncRNA靶基因预测

差异lncRNA靶基因功能注释和富集分析

mRNAlncRNA联合分析:

LncRNAmRNA结构特征比较分析

基因共表达网络分析及靶基因预测

差异表达LncRNA-mRNA调控网络分析

项目周期

2个月

PNAS: 拟南芥中胁迫响应的lncRNAs 分析

幼苗的光形态建成会受到基因转录及转录后调控,本研究对不同光照条件下拟南芥进行lncRNAs 测序,鉴定得到一个在持续红光照射下能够促进光形态建成的长链非编码RNA,即HID1,并HID1主要通过控制PIF3(光形态建成关键抑制因子)行使功能。经试验验证,敲除了HID1,PIF3的表达会显著增加,从而会使得在红光照射下下胚轴的发育。同时,本研究鉴定得到2种主要的HID1,可在红光条件调节拟南芥幼苗下胚轴的生长发育。

 

参考文献:Arabidopsis noncoding RNA mediates control of photomorphogenesis by red light

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