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抽取自一个转录本的片段数目与测序数据(或Mapped Data)量、转录本长度、转录本表达水平都有关,为了让片段数目能真实地反映转录本表达水平,需要对样品中的Mapped Reads的数目和转录本长度进行归一化。Cuffdiff采用FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped)作为衡量转录本或基因表达水平的指标。

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