有亲本和没有亲本，对定位效果有影响吗？

有影响。从关联分析的方法上，有亲本的BSA我们会有两种关联分析方法，SNP-Index和ED，最后的定位结果是两种方法的交集，无亲本的只能用ED的方法进行关联分析。有亲本的作用是排除亲本非多态性标记对定位的影响，举例说明一下，有一个标记在混池间是有多态性的，但在亲本上是没有多态性，如果有亲本，我们的定位结果是不会有这样的标记，但是没有亲本，定位结果中就会有这样的标记，定位的区域会变大，假阳性较多。