宏基因组将基因组DNA随机打断成若干条小片段,然后在片段两端加通用引物进行PCR扩增测序,将得到的reads进行组装后进行基因预测得到基因序列,众多基因构成环境中微生物的基因集
微生物多样性主要针对核糖体小亚基基因序列进行测序(16s rDNA或者18s rDNA),该基因既存在高度保守的区域还包括高变区,通过特异性引物对某一段高变区(如V3区)或某几段高变区(如V3-V4区)进行扩增测序,然后与数据库比对,可特异性识别细菌种类。总的来说,微生物多样性主要告诉我们环境里有什么微生物,而宏基因组主要告诉我们环境里的微生物能做什么。
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