BSA能不能做由Indel、结构变异（转座子滑变）、导入系片段所引起的性状差异的定位？

能做。现在我们的BSA关联分析是基于SNP，因为SNP在基因组上的密度要远远高于Indel以及结构变异，这会使我们定位更加精细。如果某一个性状是由Indel、结构变异、导入系所引起的，那么它通常是与某些SNP连锁发生的，通过SNP我们会找到候选区域，再在候选区域内寻找这些Indel或结构变异或导入系，来寻求决定该性状的Indel或结构变异或导入系。