我的对照和处理差异不明显，筛选出的差异基因数太少怎么办？

通常差异基因数在30-5000均属于正常范围，如果某些处理对样品基因表达影响不明显，则会出现差异基因数目偏少的问题，可通过调整差异基因筛选标准，放宽条件进行筛选。通常调整至FDR≤0.05或FDR≤0.1或FC≥1.5都可在一定程度增加差异基因数目，且参数均有文献支持，不会影响文章发表。样品生物学重复相关性不好也会影响差异基因的数目，这种情况下，可剔除相关性差的样品，重新进行差异分析。