Q2.Beta多样性四种距离算法的差异？

发布于 2017年5月3日

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Beta 多样性分析主要采用 binary jaccard、 bray curtis、 unweighted Unifrac(限细菌)、weighted Unifrac (限细菌)等4种算法计算样品间的距离，那么这四种算法都有什么差别呢？

非加权的计算方法，主要考虑的是物种的有无，即如果两个群体的物种类型都一致，表示两个群体的样本距离最小；加权方法，则同时考虑物种有无和物种丰度两个问题。比如如样品A由3个物种a和2个物种b组成，样品B由2个物种a和3个物种b组成，则通过非加权方法计算，因为样品A与样品B的物种组成完全一致，都只由物种a和b组成，因此它们之间的样本距离为0。但通过加权方法计算，虽然样品A与样品B的物种组成一致，但物种a和b的数目却不同，因此两个群体的β多样性则并非一致。

基于独立OUT的方法认为OTU之间不存在进化上的联系，每个OTU间的关系平等；基于系统发生树计算的方法，会根据16s的序列信息对OTU进行进化树分类，因此不同OTU之间的距离实际上有“远近”之分。