mRNA最常见的内部修饰包括N6-腺苷酸甲基化(m6A)、N1-腺苷酸甲基化(m1A)、胞嘧啶羟基化(m5C)等。RNA甲基化修饰6mA是指RNA分子腺嘌呤第 6 位氮原子上的甲基化修饰,是mRNA上最丰富的甲基化修饰, 占到RNA甲基化修饰的80%。 RNA上不同修饰的碱基在通过Nanopore纳米孔通道时造成的阻碍大小不同,产生具有特征的电流信号。通过对这些信号进行实时监测,则可获取相应的碱基类型,及其是否携带碱基修饰!也就是说Nanopore测序可以无需与特异性抗体结合,得到单碱基分辨率下RNA上的甲基化修饰。
这里转录本的甲基化水平定义为该转录本上所有位点的甲基化水平的均值。
a、Writers:将甲基化修饰“写入”RNA,即介导RNA的甲基化修饰过程。最常见的分子是METTL3和METTL14,两者可在体外和体内催化mRNA(和其他细胞核RNA)的m6A甲基化。WTAP是这种甲基转移酶复合体中的另一个关键组分。
b、Erasers:将RNA甲基化修饰信号“擦除”,即介导RNA的去甲基化修饰过程。FTO和ALKBH5可以去除mRNA(和其他细胞核RNA)上的m6A甲基化。
c、Readers:“读取”RNA甲基化修饰的信息,并参与下游RNA的翻译、降解等过程。比如具有YTHDF结构域的蛋白能够识别并结合mRNA中的m6A,而这种结合会减少mRNA的半衰期促使其降解。