近年来高通量测序技术发展迅速,已有数百个动植物完成了基因组de novo测序组装。从第三代单分子测序技术出现后,三代与二代结合做全基因组de novo测序取的了良好的效果。但是在指标上仍然与纯三代组装结果相差甚远,百迈客已经在纯三代基因组组装上获得了巨大成功。
    在已知基因组大小、难度,或者有调研图结果的情况下,基于三代测序PacBio技术手段,进行基因组组装和基本分析,获得高质量基因组序列。为该物种的后基因组学研究奠定基础。
成功案例
应用纯三代对某植物基因组进行组装,整体约70倍基因组覆盖度,其组装结果如下图所示:

 

物种

技术方法

组装结果

某植物基因组

PacBio

Contig N50=1.3Mb

 

分析内容
1)基因组组装;
2)基因组注释:
重复序列注释;编码基因预测;
非编码RNA预测;假基因注释;功能基因注释;

 

 

3)比较基因组学和进化分析:
基因家族鉴定及聚类分析;
系统发育进化树构建;
物种分化时间估算;
基因组共线性分析;
特有基因区域检测;
基因家族的扩张和收缩。

 

基因组 DNA 样品(必须与调研图为同一个体);
样品需求量:≥120 µg(Qubit定量);
样品浓度:≥50ng/ul(Qubit定量);
样品纯度: OD 260/280 介于1.8 ~ 2.0;2.0≤OD 260/230≤2.2;260吸收峰正常不偏移;无蛋白质、RNA污染或肉眼可见杂质污染;
完整性:主带清晰,无降解或轻度降解。
若提供组织样品,则植物样本需为无菌黄化苗、组培样品或嫩叶;动物样本为肌肉、血液等脂肪含量较少的组织。动植物组织量要求,15g以上,全血要求20ml。
需从同一个体取样,预防由于个体差异对后续拼接造成的影响,调研图和精细图也需要从同一个体取样;如无选取同一个体的条件,须同百迈客技术人员沟通决定取样方式。

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