快速获得基因组大小、重复序列比例、杂合度高低、GC含量等基本信息,为制定该物种的全基因组组装测序策略提供有效依据。如果选择基因组denovo测序,包含此项目内容。

承诺指标

整体测序深度不低于50倍覆盖度

预测基因组大小,评估基因组GC含量,评估基因组重复序列含量以及杂合度高低;

确定精细图梯度文库构建具体策略。

项目周期

动植物基因组Survey开发时间为1个月,5G以上基因组2个月。

开发时间以样品到位并检测合格为前提;收到样品后,需要对样品进行检测,最终样品的量和纯度,以公司的检测结果为准。

 

 

分析内容

1.标准信息分析

数据基本处理,去低质量和接头序列;

K-mer分析以及基因组大小评估;

杂合率评估;

精细图建库方案评估;

2.高级信息分析

初步组装;

复序列预测;

GC-Depth 分布分析,判断测序偏好性;

SSR标记鉴定;

样品间SNP鉴定(多样本情况下)。

样品类型:基因组 DNA 样品;

样品需求量:≥5µg(Qubit定量)

样品浓度:≥30ng/ul(Qubit定量)

样品纯度: OD 260/280 介于1.7 ~ 2.2;无蛋白质、RNA污染或肉眼可见杂质污染;

完整性:主带清晰,无降解或轻度降解。

  若提供组织样品,则植物样本需为无菌黄化苗、组培样品或嫩叶;动物样本为肌肉、血液等脂肪含量较少的组织。

  需从同一个体取样,以预防个体差异性对后续拼接的影响;如无选取同一个体的条件,须同百迈客技术人员沟通决定取样方式。

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