分类: 时空组学

细胞注释主要有两种方法:

1)基于参考数据库利用软件工具(SingleR、SCINA)进行自动化;

2)基于参考数据库、文献资料确定已知细胞类型的特征表达基因(marker标记)列表和相关通路进行人工注释。细胞注释要同时结合自动化注释和人工注释,这两种方法并不是独立割裂开来的,需要搭配使用,软件自动化细胞注释方法方便且系统化,完全依赖于参考数据集,注释的结果有时也并不是高置信度注释。在百迈客提供的数据库自动注释的基础上,老师提供对应细胞群/亚群的marker基因列表,如T细胞:CD4、CD8,可以根据已发表的文章(物种、疾病、组织检索)或者cell marker数据库进行进一步的人工注释校正,可大大提高注释的准确度。

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