真菌基因组精细图（PacBio）

全面分析深度研究

真菌基因组精细图技术简介

真菌基因组主要指各种真菌，包括各种酵母，霉菌，食用真菌等。一般在10M-150M，大部分是50M左右。复杂真菌有多核，杂合等现象。真菌基因组研究，采用2+3或2+3+HiC等测序策略对真菌基因组进行测序、组装以及功能注释，可根据不同需求选择真菌基因组调研图、真菌基因组精细图以及真菌基因组准完成图进行研究。

技术服务优势

长读长跨越复杂区域，组装连续性实现Kb→Mb级跨越

真菌基因组普遍存在多核、杂合、高重复（如转座子富集）现象，二代短读长难以跨越这些区域。PacBio HiFi或ONT超长读长可一次性跨越高重复、高GC、高杂合片段，得到更完整、均匀的基因组。

Hi-C辅助组装实现染色体水平挂载

Hi-C基于染色质三维互作频率（染色体内互作 > 染色体间互作，近距离 > 远距离）对contig/scaffold进行聚类、排序和定向，可将scaffold挂载到染色体，并能对已有组装进行纠错。

分析内容全面，流程标准化

标准分析涵盖基因组组装评估、重复序列/编码基因/非编码RNA/假基因/基因簇预测，通用数据库（GO、KEGG、KOG、Nr、Swiss-prot、Pfam、TrEMBL）与专有数据库（CAZy、TCDB、PHI、DFVF、CYPED）注释，分泌蛋白、效应蛋白、跨膜蛋白预测，以及比较基因组、共线性、进化树等高级分析。

测序策略

产品类型	测序平台	总测序深度	项目周期	承诺指标
真菌基因组框架图	Illumina	≥ 100 X	30 天	初步组装，快速获得真菌基因组草图序列，和功能信息
真菌重测序	Illumina	2 G	30 天	——————
真菌基因组调研图	Illumina	≥ 100 X	30 天	基本调研，确定基因组大小、杂合度、重复序列等
真菌基因组精细图	Illumina ONT / PacBio	二代 ≥ 50 X ONT ≥ 100 X PB HiFi ≥ 30 X	45 天	基因组小于 100 M contig N50 ≥ 1 Mb（单核） contig N50 ≥ 500 kb（多核）
真菌基因组准完成图	Illumina ONT / PacBio Hi-C	精细图 + 100 X Hi-C	90 天	染色体挂载率 90%

分析流程

分析结果展示

KOG分析

真菌基因预测基因比对到KOG数据库，可对真菌基因产物进行直系同源分类。

信号肽预测

号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，可以引导蛋白跨膜转移。利用已预测得到的蛋白质序列，预测氨基酸序列中是否存在信号.

CAZy数据库注释

利用软件hmmer基于碳水化合物相关酶数据库进行碳水化合物酶类基因的功能注释。

效应蛋白预测

病原真菌通过分泌效应蛋白抑制植物防御反应，从而达到侵染植物的目的。EffectorP软件通过自我训练算法，用于识别植物-病原真菌互作的效应蛋白。我们利用EffectorP对分泌蛋白进一步分析，预测真菌效应蛋白。

送样指导

组织类型	二代	ONT-基因组	PB-基因组
大型真菌	≥ 2 g	菌丝 ≥ 3.0 g ；菌体 ≥ 5 g	菌丝 ≥ 3.0 g ；菌体 ≥ 10 g
单细胞真菌	5×10⁶ ~ 1×10⁷ 或 ≥ 1 g	≥ 5×10⁹	≥ 5×10⁹

常见问题

1、三代真菌精细图为何要进行Survey？

真菌种类繁多，从十几Mb的酵母，到上百Mb的大型真菌，其基因组大小和复杂程度具有很大的差异，进而影响真菌的测序数据量和组装难度。特别是对于三代测序为基础的真菌精细图，由于测序成本高，为避免数据浪费，通过Survey来预先确定真菌的大小，选择合适的测序量，显得十分重要。与此同时，通过Survey还能够预先排查基因组污染，提前进行风险预警，减少污染可能造成的损失。

2、三代真菌精细图中小片段文库的作用是什么？

三代真菌精细图中，小片段文库主要有两个作用，除了前面提到过的Survey功能，预估基因组大小并排除污染之外，还可以用于组装完成后的验证，进一步确认基因组组装的质量。

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