亲本和参考基因组是一个品种，比如水稻构建群体的亲本是9311，是否需要重新对亲本进行测序？

需要，9311基因组虽然出来，但是9311有很多不同类型的突变，比如有的有芒，有的无芒，建议老师测，但是测序深度可以稍微降低。