百迈客再次引进三代测序平台PacBio Sequel Ⅱ |

发布于 2019年6月12日

为更好的服务于用户，百迈客与基因公司达成合作，再次引进PacBio公司Sequel Ⅱ平台，该平台已于5月23日到达北京百迈客生物科技有限公司青岛分公司，目前已经完成内部测试，正式投产！当前，百迈客已拥有PacBio RS Ⅱ、PacBio Sequel、PacBio sequel Ⅱ、Nanopore PromethION、Nanopore GridION、Nanopore MinION市场上主流的三代测序平台，为客户提供最全面优质的选择！

【PacBio SMRT测序原理】

PacBio 提供的是一种边合成边测序的单分子实时测序技术。测序时，DNA聚合酶与模板链结合，在链合成的过程中，不同荧光标记的碱基会释放不同的荧光信号，根据光的波长与峰值从而判断碱基类型与顺序。

PacBio SMRT测序原理

目前市面上的Pacbio平台有：PacBio RSⅡ、PacBio Sequel、PacBio Sequel Ⅱ三种，其原理相同。随着新平台发布，测序的通量会提升，单G成本会降低。

【Sequel Ⅱ介绍】

Sequel II 相较于前代产品，在通量提升成本降低的同时，也提供了新的测序模式

1、新的测序模式：CLR与CCS文库

当前Sequel II平台可提供CLR Library和CCS library（HIFI）两种测序模式。

CLR Library与之前广为理解的测序文库相同，采用15 Kb、20 Kb、30 Kb等长片段类型的DNA片段进行文库构建，通过获得Subreads来进行下一及应用拓展。

CLR Library 测序原理

新提供的CCS文库，即采用如8Kb，10Kb等小片段文库，进行单一片段多轮测序的方式来提升准确性。由于Pacbio的原始错误为随机错误，可通过CCS模式进行自身纠正，来提升数据的准确性，先前ISO-seq就是CCS文库的典型应用。CCS reads无需二代数据再次纠错，具有较高准确性，为基因组组装，高精度基因组注释、变异检测等应用提供了更有利的支持。据官方数据，同一片段测序4次后，单一read的准确性可达99%。

CCS Library（HiFi）测序原理

2、数据量产出提高

Sequel II 相比于前代测序平台Sequel，主要变化是测序芯片上的导孔（ZMW）由原始的100万个提升至800万个，理论通量直接提升8倍，进而提升了单Cell数据产量，成本也随之越低！

Sequel II与Sequel平台比对

【百迈客新旧平台同一样品实测数据展示】

百迈客利用某海洋动物样本通过构建相同文库，进行不同平台的数据测试。通过构建20 Kb的文库，同时在Sequel与SequelⅡ上进行上机测序，数据产出结果如下所示：

Subreads 数据比对统计

注：Subreads是产出的所有subreads数据集；Reads Num：reads数目；Total Bases (bp)：碱基总数；Reads N50 (bp)：将reads从长到短排序，并依次相加，当加和等于总碱基数目一半时对应的那条reads长度即为reads N50；Mean Length (bp)：reads的平均长度；Longest Read (bp)：最长read的长度。

结果统计表中我们可以看到，Sequel Ⅱ平台ZMWs数量较Sequel平台的提升至其8倍，而单cell的总数据量产出由原始的11.6 Gb/cell提升至103.3 Gb/cell，整整高出了约8倍！而在平均读长，最长读长，Reads N50 方面未有太大变化。2个平台的读长分布情况如下图所示：