数据上传SRA之:微生物多样性

文章写完了,但是数据还不会上传,怎么办?小编现在教你如何上传微生物多样性数据到SRA数据库,包教包会哦~

在数据上传之前我们需要先注册一个NCBI的账号,这个小编就不做说明了;
首先,登录NCBI主页面后点击Submit进入到数据上传页面,然后选择SRA数据库点击GO按钮后接着点击New submission(操作界面见下图);

第二步:填写提交人的个人信息和单位信息;

第三步:填写BioSample、BioProject和数据释放时间(之前没有创建BioSample、BioProject可以选择NO);

第四步:项目信息填写,根据实际情况填写(带有*号的为必填,其它可以不填写);

第五步:样本类型选择;

第六步:样本具体信息,需要我们下载表格填写,表格中绿色的为必填,蓝色的需要至少填一个,其它内容可以选填或者不填写,如果是生物学重复需要添加一列replicate,填写完成后需要将信息粘贴到文本文件中(TXT格式),然后上传到网站上;

第七步:第六步表格上传完成后,需要接着上传Metadata表格,主要填写样品建库测序的信息和需要上传的文件名,填写完成后也是导入到文本文件中然后上传;

第八步:重点来了,这一步是将我们的数据传到NCBI的服务器上,需要下载安装一个软件Aspera(http://downloads.asperasoft.com/connect2/,windows下也可以安装)。软件安装完成后有两种上传方法:(1)可以直接上传,适用于数据量小、样本量小的项目;

(2)上传方法适用于数据量大、样本量大的项目;

具体操作步骤:
打开Windows Dos操作窗口,进入到Aspera软件的安装目录下;输入命令

数据上传完后,点击Select preload folder就可以看到我们上传的文件(至少需要等10分钟后才能看到),然后选择我们上传的文件即可完成数据上传。

最后点击下方的continue,进入到最后Overview界面然后点击提交即可。

微生物事业部 李汉洲丨文案
付志超 | 审核
图片来自网络,侵删

最近文章