微生物基因组重测序

产品介绍

PRODUCT INTRODUCTION

微生物基因组重测序是指对基因组序列已知的细菌或真菌个体进行基因组测序，通过与已知的参考基因组比对，获得该菌个体或者群体的差异的测序方法，这些差异主要包括 SNP，InDel 和 SV。目前微生物基因组重测序被广泛应用于病原微生物的检测及鉴定、病原菌演变及起源、致病菌种群结构及种群结构的进化等众多方面。

微生物基因组重测序分析流程：原始测序数据 → 质控 → 与参考基因组比对 → SNP/InDel/SV 检测与注释 → 功能注释 — 分析流程图

产品优势

发现未知遗传变异

微生物基因组重测序能够发现未知的遗传变异信息。

高通量、更快速、低成本

凭借二代测序，获得数据通量更高，速度更快，成本更低。

变异检测更全面

可以更全面地检测 SNP、InDel、SV 等多种遗传变异类型。

结果展示

ANALYSIS RESULTS

SNP 突变类型分布图

全基因组 SNP 突变可以分成 6 类。以 T:A>C:G 为例，此种类型 SNP 突变包括 T>C 和 A>G。由于测序数据既可比对到参考基因组的正链，也可比对到负链，当 T>C 类型突变出现在参考基因组正链上，A>G 类型突变即在负链的相同位置，所以将 T>C 和 A>G 划分成一类。

SNP 结果注释

SnpEff 是一款用于注释变异（SNP、Small InDel）和预测变异影响的软件。根据变异位点在参考基因组上的位置以及参考基因组上的基因位置信息，可以得到变异位点在基因组发生的区域（基因间区、基因区或 CDS 区等），以及变异产生的影响（同义、非同义突变等）。

GO 数据库注释

Gene Ontology（简称 GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。

COG 数据库注释

COG 数据库是对基因产物进行直系同源分类的数据库。每个 COG 的蛋白都被假定来自祖先蛋白，分为 orthologs 和 paralogs。Orthologs 是指来自于不同物种的由垂直家系进化而来的蛋白，并且典型的保留与原始蛋白相同的功能。

送样指导

SAMPLING GUIDE

组织类型	二代	ONT-基因组	PB-基因组
细菌	≥0.1 g	≥3.5×10¹⁰ 或 ≥0.5 g	≥3.5×10¹⁰ 或 ≥0.5 g
大型真菌	≥1 g	菌丝≥3.0 g；菌体≥5 g	菌丝≥3.0 g；菌体≥10 g
单细胞真菌	5×10⁶-1×10⁷ 或 ≥1 g	≥5×10⁹	≥5×10⁹

常见问题

FAQ

Q1 微生物基因组重测序二代与三代的区别是什么？

重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的全基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。二代测序可以相当可靠地鉴定 SNP 和 InDel，但是对 SV 的发现、基因型分型和表征鉴定存在困难；而 Nanopore 全基因组重测序读长长度可达 MB 级别，可简化大型复杂 SV 的分辨率，并准确地定位到参考基因组，且鉴定数目比短读长测序多 10 倍。

Q2 重测序需要怎样的参考基因组？参考选不好会有什么问题？

参考基因组最好是同一物种或极近缘菌株（同一"种"甚至同一谱系），注释质量较高（有基因注释、基因组完成度较好）。

若使用亲缘关系较远的参考，会导致：大量 reads 无法比对上，覆盖度不足；比对质量下降，SNP/InDel 假阴性/假阳性增加；结构变异（SV）难以准确判断。

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