FASTA工具集是一个针对生物信息最基本的fasta格式序列处理的分析平台。包括fasta序列的提取、过滤、长度分布图绘制、格式转换、与数据库及参考基因组比对、序列功能注释等一系列功能。

    开始模块包括关键字提取、BLAST比对、序列功能注释四项分析内容。用户可在该模块中通过直接键入或粘贴的方式在序列信息框中输入需要分析的fasta序列,也可通过鼠标点击“我的数据”中的fasta序列文件,进入FASTA工具集进行fasta序列文件分析。

    使用该模块可从fasta序列文件中提取/过滤目标ID列表、目标序列列表内包含的fasta序列,或提取fasta序列文件中特定长度范围、特定位置的fasta序列,也可随机的提取取特定数目、特定比例的fasta序列。

按列表提取/过滤fasta序列

随机抽取fasta序列

按条件提取fasta序列

    使用该模块可实现fasta序列的大小写转化、DNA/RNA转换、互补序列转换、fasta/fastq转换。

    该模块可对fasta序列进行全局比对与局部比对,可提供用户选择的局部比对程序包括BLAST、BLAT、Bowite,全局比对程序包括ClustW、Muscle。

局部比对界面

全局比对界面

    使用该模块可对fasta序列文件进行功能注释(nr、nt、GO、KEGG、KOG等)、核苷酸功能分析(密码子偏好性分析、启动子预测、CDS/UTR分析、SSR分析)、氨基酸功能分析(蛋白质跨膜区结构预测、信号肽预测)以及序列长度分布图绘制。

功能模块界面

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