百迈客云lncRNA分析平台适用于不同物种的lncRNA和mRNA数据分析。分析内容包括基本分析和数据挖掘(包括mRNA表达量挖掘、mRNA差异基因挖掘、lncRNA鉴定、lncRNA差异基因挖掘和lncRNA靶基因挖掘)俩部分构成。

    lncRNA分析平台基本分析只需导入原始数据、选择参考基因组、选择差异分组等操作,即可完成任务提交。分析内容全面包括转录本比对、基因功能注释、差异表达分析, lncRNA预测及筛选;差异lncRNA表达分析;新lncRNA靶基因预测等,分析结果准确可靠,以结题报告的形式展示。

    差异基因挖掘可实现不同组间差异表达基因的查询、排序筛选等,样品间差异表达基因集维恩图可以对不同差异基因挖掘下包含“差异表达基因集查询”、“差异表达基因集维恩图”和“基因共表达趋势分析”三个模块。

    lncRNA鉴定是基于基本分析的基础上,针对通过lncRNA预测得到的lncRNA进行lncRNA的数据挖掘。 包括自由设定lncRNA的表达阈值,筛选不同样品中共有表达或特异表达的lncRNA并对其靶基因进行功能注释。根据俩种搜索类型对lncRNA进行搜索并对lncRNA的表达量绘制柱状图。

    lncRNA差异基因挖掘可以完成不同差异分组内和组间差异表达基因分析。包括差异表达lncRNA 查询,差异表达lncRNA维恩图和lncRNA共表达趋势分析。可实现不同组织器官特异差异表达lncRNA挖掘;不同发育时期特异差异表达lncRNA挖掘;不同处理特异差异表达lncRNA挖掘;不同品种样品特异差异表达lncRNA挖掘。

    lncRNA靶基因挖掘是基于基因分析中lncRNA靶基因预测部分,针对Cis-靶基因预测和Trans-靶基因预测的结果,进行进一步分析。lncRNA靶基因挖掘包含“Cis-靶基因挖掘”和“Trans-靶基因挖掘”俩个模块。Trans-靶基因挖掘采用WGCNA分析方法,适用于4个以上的样本进行分析。将差异表达的lncRNA靶基因按照表达模式分为不同的部落,重点研究和样本相关性强的部落,简化分析时间和精力。包含样本聚类结果,PCA结果,样本间相关性结果,Module分布图,Module基因间相关性,Module聚类及相关性,Module与样本关联结果和Module基因聚类与样本关联。

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