百迈客云无参转录组分析平台适用于真核无参考基因组物种的转录组测序数据的分析,其分析内容由基本分析和数据挖掘(基因挖掘、表达量挖掘、差异基因挖掘、转录组因子预测)两个部分构成。

    无参转录组分析平台基本分析只需进行原始数据导入、组装方式选择、差异分组选择等操作,即可完成任务提交。分析内容全面与常规交付公司的分析内容一致,包括转录本组装、基因功能注释、差异表达分析等,分析结果准确可靠,以结题报告的形式展示。

    基因挖掘可实现目标基因的筛选,支持三种筛选方式包括功能关键词、基因ID和序列信息 ,用户可以从表达基因里快速准确的筛选出感兴趣基因,针对筛选出的基因可以进行KOG分类图、COG分类图、GO分类图、KEGG通路图的绘制。

    表达量挖掘可以实现不同样品中共同表达和特异表达的基因的筛选,如组织特有表达基因筛选、不同胁迫处理样品间特异表达基因筛选、不同发育时期特异表达基因筛选等,并对特定基因进行后续功能分类分析。

    差异基因挖掘可实现不同组间差异表达基因的查询、排序筛选、蛋白互作网络分析等。差异基因挖掘包含“差异表达基因集查询”、“差异表达基因集维恩图”和“基因共表达趋势分析”三个模块。

    转录因子预测目前只针对植物,收录了拟南芥、玉米、大豆、水稻、小麦、棉花等物种的转录因子数据库,转录因子预测根据特定物种的核酸序列与转录因子(植物)的数据库比对得到的结果,统计转录因子家族中出现的基因ID数,并绘制预测结果对应的柱状图和饼图。

Copyright © 2009-2016 北京百迈客生物科技有限公司版权所有 京ICP备10042835号
公司地址:北京市顺义区南法信府前街12号顺捷大厦5层
Tel:400-600-3186; Fax:010-57045001 E-mail:tech@biomarker.com.cn