染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing , ChIP-Seq)是指利用染色质免疫共沉淀技术特异性的富集与目的蛋白结合的DNA 片段,分离纯化出DNA 片段后构建文库并进行高通量测序。通过ChIP-Seq 可将测序得到的数百万条序列标签精准的定位到参考基因组上,在全基因组范围内定量获取与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA 区域信息,分析疾病相关表观遗传变异。

产品名称

染色质免疫共沉淀测序                 

样品要求

DNA100ngDNA样品浓度10 ng/μl

适用情况

人、鼠

测序策略

HiSeq平台

推荐数据量

10-20M                  

分析内容

测序结果统计

与参考基因组比对

比对富集峰和信号强度提取

PEAK的可视化

全基因组PEAK相关基因分析

PEAK区域基因相关注释

样品间差异PEAK区域检测

差异PEAK区域基因注释

项目周期

60

1、NANOG 通过氧化磷酸化和脂肪酸代谢中致瘤性的变化使肿瘤起始干细胞样细胞重编
NANOG Metabolically Reprograms Tumor-Initiating Stem-like Cells through Tumorigenic Changes in Oxidative Phosphorylation and Fatty Acid Metabolism. Cell Metabolism.
    文章通过NANOG Chip-seq 分析,发现NANOG 参与线粒体代谢途径调控基因的表达,用来保持肿瘤起始干细胞样细胞(TICs),并且提供了NANOG 通过线粒体代谢重编介导的TICs 产生、肿瘤发生和化学抵抗机制。研究发现,NANOG 抑制线粒体氧化磷酸化基因(OXPHOS),包括ROS 产生,以及激活脂肪酸氧化(FAO)使TIC自我复制以及药物抵抗。OXPHOS 活性的恢复和FAO 的抑制说明了TICs 易受肝细胞癌标准化疗药物索拉非尼的影响。

 

2、ChIP-Seq 揭示灵长类动物大脑演变中的表观调控
Epigenomic annotation of gene regulatory alterations during evolution of the primate brain. Nature Neuroscience.
    文章利用chip-seq 分析了成年人类、恒河猴和黑猩猩不同的脑部解剖区域基因组的顺式调控元件(CREs)。结果发现,恒河猴和人CREs 基因组位置的高度相似性,说明大多数元件在0.25 亿年前已经存在于共同的祖先。并且,大多数发现的人和恒河猴的调控变化发生在人和黑猩猩祖先分离之前,保留了预测人特异性的一些调控元件。

Copyright © 2009-2016 北京百迈客生物科技有限公司版权所有 京ICP备10042835号
公司地址:北京市顺义区南法信府前街12号顺捷大厦5层
Tel:400-600-3186; Fax:010-57045001 E-mail:tech@biomarker.com.cn