1、肝星状细胞转分化过程涉及的全基因组内DNA甲基化
Hepatic Stellate Cell Transdifferentiation Involves Genome-Wide Remodeling of the DNA Methylation Landscape.Journal of Hepatology.
    文章描述了肝纤维化和肝星状细胞(HSC)转分化过程中调控的酶以及全基因组内的甲基化和羟基化水平的变化。通过RRBS 发现了小鼠HSC 中的基因组内甲基化位置,测序结果说明了DNA 甲基化和羟甲基化是HSC 活化与引起纤维化重要的原因。HSC 活化过程中DNA 甲基化的改变可能会作为疾病诊断标志物以及潜在的药物靶点。

 

2、Alu Y 在伊立替康或奥沙利铂抵抗性结直肠癌中的作用
The potential role of Alu Y in the development of resistance to SN38 (Irinotecan) or oxaliplatin in colorectal cancer.BMC Genomics.
    伊立替康和奥沙利铂是治疗结直肠癌的化学药物,但是在临床治疗中会产生对这些药物的抗性。Alus 是一类反转录转座子,致癌物质或药物可以通过改变DNA 甲基化使Alus 再活化。文章利用RRBS 在结直肠癌组织样本以及对伊立替康或奥沙利铂抵抗的结直肠癌细胞模型中研究了DNA 的甲基化。研究结果发现,鉴定的位点中有53% 是Alu 序列,尤其是Alu Y。在临床样本中,SOX1 和其他的SOX 基因家族呈现不同的甲基化水平,Alu Y 序列的甲基化水平具有显著的变化。这些结果说明了在结直肠癌药物抵抗中Alu Y 起到了重要的作用。

产品名称

简化甲基化测序                 

样品要求

DNA2 μgDNA样品浓度10 ng/μl

适用情况

人、鼠

测序策略

HiSeq平台

推荐数据量

3G-5G                  

分析内容

测序深度及测序覆盖度分析

比对效率分析

Bisulfite转化效率评估

CpG碱基测序深度的累积分布

CpG类型甲基化位点鉴定

mC的甲基化水平

基因TSS上下游甲基化水平

CpG中甲基化C附近的9bp序列的序列特征分析

差异甲基化区域DMR筛选

DMR关联基因注释

DMR关联基因富集分析

项目周期

60

简化甲基化测序(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)主要针对CpG 富集的区域的甲基化研究方法,它依据限制性内切酶酶切手段将DNA 酶切成小片段,选取特定片段大小的序列进行甲基化测序分析,旨在定位全基因组范围内甲基化位点,评估甲基化水平,分析样品间甲基化差异,从而快速、高效地寻找出基因组中发生甲基化变化的区域。可用以比较不同细胞、组织间的DNA 甲基化修饰模式的差异。

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