全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfate Sequencing,WGBS)是指利用重亚硫酸盐对全基因组DNA 进行处理,可使未甲基化修饰的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶碱基,然后利用高通量测序在全基因组范围内检测所有的甲基化位点,绘制单碱基分辨率的DNA 甲基化图谱。通过全基因组甲基化测序可以全面了解胚胎发育、衰老、疾病过程中表观遗传差异的作用机理,为相关研究提供指导。

产品名称

全基因组甲基化测序                 

样品要求

DNA2 μgDNA样品浓度10 ng/μl

适用情况

人、鼠

测序策略

HiSeq平台

推荐数据量

30x                  

分析内容

参考序列比对

测序深度统计

比对效率分析

Bisulfite转化效率评估

甲基化位点鉴定

全基因组甲基化图谱绘制

不同功能元件甲基化分布

CpG岛的基因注释

差异甲基化区域分析

DMR相关基因功能注释

DMR相关基因富集分析

项目周期

60

1、全基因组甲基化测序揭示成神经管细胞瘤中DNA甲基化调控作用
Decoding the regulatory landscape of Medulloblastoma using DNA methylation sequencing. Nature.
    成神经管细胞瘤是一种高度恶性原发性脑肿瘤,分为4 个亚型:WNT-pathway-activated,SHH-pathwayactivated,所知较少的Group 3 和 Group 4。本研究通过对34 个人成神经管细胞瘤组织(每种亚型5-12 例不等)及8 个正常组织对照(成人组及婴儿组各4 例)进行了全基因组甲基化测序,发现相比于正常对照,肿瘤组织的甲基化水平明显降低,尤其是非CpG 岛位点,甲基化位点集中分布于转录起始位点下游数kb 处,提示与基因的表达量有密切关系。通过与转录组测序结果的联合分析,发现基化水平高的基因表达程度低,并且在Group 3 和Group 4 发现一些新的成神经管细胞瘤相关基因。

 

2、利用全基因组甲基化测序绘制人类早期胚胎DNA甲基化图谱
The DNA methylation landscape of human early embryos. Nature.
    本研究通过对生殖细胞和胚胎不同发育时期进行全基因组甲基化测序,系统的绘制了从受精卵到胚胎植入过程中人类早期胚胎的甲基化图谱。受精前,精子基因组DNA 甲基化程度显著高于卵细胞,而受精后,来自精子的父源DNA 去甲基化速度大于来自卵细胞的母源DNA。到受精卵晚期,父源DNA 甲基化程度低于母源DNA 的甲基化程度,并且启动子区域的甲基化与基因的表达呈负相关,这种关系在胚胎植入后阶段表现的更明显。不同的组蛋白修饰DNA 甲基化的影响不同,其中H3K4me3 表现出维持相应区域基因的低水平甲基化。此项研究提供了一个全面分析人类早期胚胎DNA 甲基化重编程的图谱。

Copyright © 2009-2016 北京百迈客生物科技有限公司版权所有 京ICP备10042835号
公司地址:北京市顺义区南法信府前街12号顺捷大厦5层
Tel:400-600-3186; Fax:010-57045001 E-mail:tech@biomarker.com.cn