全转录组广义上指某一生理条件下,机体内所有转录产物的集合。随着高通量测序的发展,人们对非编码RNA (ncRNA) 的认知逐渐增强,发现的ncRNA 的种类和功能越来越多,多种ncRNA(circRNA、lncRNA) 可作为竞争性内源RNA
(competitive endogenous RNA, ceRNA), 通过竞争性结合miRNA 来调控靶mRNA 的表达。在动植物生长发育、基因调控机理、代谢及疾病等领域,结合高通量测序测序进行转录组联合分析,不仅可以对细胞、组织和体液等中的转录产物进行全面鉴定,能也更有利于对ceRNA → miRNA → mRNA 调控机制进行深入挖掘,让我们从全新的视觉认识生物体复杂的发生机制。

产品名称

全转录组测序                 

样品要求

RNA10 μgRNA样品浓度65 ng/μl

适用情况

有参物种

测序策略

HiSeq平台

推荐数据量

12-20G + 10M                  

分析内容

包括mRNALncRNACircRNAmiRNA的分析内容以及联合分析内容。具体分析详见各产品。

项目周期

90

1、恒河猴胚胎干细胞分化过程中mRNA 和miRNA 测序联合分析揭示了玫瑰花环结构神经干细胞潜在的调控机制
mRNA-Seq and MicroRNA-Seq Whole-Transcriptome Analyses of Rhesus Monkey Embryonic StemCell Neural Differentiation Revealed the Potential Regulators of Rosette Neural Stem Cells.Dna Research.
    神经干细胞(NSC) 失去了分化为多种神经细胞的潜能, 阻碍了基础研究和干细胞移植的进展。早期胚胎干细胞(ESCs) 来源的NSC 即rosette NSC (R-NSC), 有分化为多种神经细胞的潜能。本研究通过对恒河猴神经干细胞分化的四个不同时期进行mRNA 和miRNA 联合分析,发现R-NSCP1 阶段基因差异表达明显,并且胚胎发育过程最重要的Hedgehog 和Wnt 信号通路在此阶段被激活。

 

2、应用高通量测序RNA–miRNA–circRNA 联合分析阐明苯并芘的致癌机制
High-throughput data integration of RNA–miRNA–circRNA reveals novel insights into mechanisms of benzo[a]pyrene-induced carcinogenicity. Nucleic Acids Research.
    本研究基于高通量测序,对2 mM BaP 处理的细胞(不同时间梯度)和DMSO 处理的细胞进行全转录组测序,对鉴定到的circRNA、miRNA 和mRNA 进行联合分析。以不同时间梯度处理下都高表达的miR-181a-1 为研究对象,借助生物信息学分析软件预测到MGMT(DNA 修复相关很重要的基因)是其靶基因。同时也发现16个差异表达的circRNA 具有miR-181a-1 的作用位点,并且通过数据分析发现随着时间的变化,miR-181a-1、MGMT和cirRNA 具有一定的表达相关性,由此作者推测3 者之间的作用关系。

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