circularRNA是最近发现的一类特殊的非编码环状RNA,它大量存在于真核转录组中,主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生。近年研究发现,circRNA 具有很多重要的调控功能,典型功能是,circRNA 可以作为竞争性内源RNA(ceRNA)结合miRNA,阻断miRNA 对靶基因的抑制作用。此外,circRNA 还具有调控其他类型RNA 及蛋白质活性等功能。circRNAs 在不同物种中具有保守性,而且存在组织表达差异,再加上circRNA 的环状结构使其对RNase 不敏感,导致它比线性RNA 更为稳定,这些特性使得circRNA 具有开发疾病新型诊断与治疗方法的巨大潜力,研究意义重大。

产品名称

CircRNA测序                 

样品要求

RNA6 μgRNA样品浓度65 ng/μl

适用情况

有参物种

测序策略

HiSeq平台

推荐数据量

10-16G                  

分析内容

与参考序列进行比对

已知circRNA比对分析与统计

新的circRNA的预测

circRNA保守性分析(仅限部分物种)

circRNA长度分布及基因组位置分析

circRNA表达定量及差异表达分析

circRNAmRNA表达水平分析(仅限lncRNA建库方式)  circRNA可变剪接分析

样品间circRNA相关性分析(含生物学重复样品)

circRNA靶基因预测

circRNA来源基因的功能注释及富集分析

circRNA-miRNA调控网络分析

 

项目周期

70

1、唾液中microRNA、piRNA、circular RNA 的表达谱
The Landscape of MicroRNA, Piwi-Interacting RNA, and Circular RNA in Human Saliva. Clinical Chemistry.
    本研究通过使用高通量RNA 测序对来自人健康个体的唾液(CFS)中非编码RNAs(ncRNAs)的深入生物信息学分析,发现了miRNAs、piRNAs 和circRNAs 的表达,并且跨个体的miRNA 和piRNA 谱的表达具有可重复性。而且唾液中RNA 种类与其他体液或细胞样品中高度相似。通过90 多个不同来源的RNA-Seq 数据集的比较分析,我们观测到piRNAs 在CFS 中含量丰富;miRNA 表达谱与那些在血清和脑脊液中发现的高度类似;也鉴定了400多条circRNAs,这是首次发现细胞外体液中circRNAs 的存在。鉴于唾液中circRNAs 的检测具有无创伤、可重复等特点,因此唾液中circRNAs 可望成为新型的临床诊断分子标志物。

 

2、Circular RNAs 在动物脑组织中含量丰富,保守性强且表达水平呈现动态变化
Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed. Molecular Cell.
    本文通过对 circRNAs 测序和生物信息学分析,研究 circRNAs 在神经组织(不同的大脑区域、神经元、突触, 以及神经元分化过程中)的表达情况。其中,circRNAs 在哺乳动物大脑中含量丰富,并且序列保守;此外,circRNAs 的表达水平在神经分化过程中显著上调,在神经突触中尤其丰富。以上结果也表明了circRNAs 作为分子标志物的巨大潜力。

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