全长转录组测序(Single-molecule real-time transcript sequencing)基于PacBio 三代测序平台的全长转录组研究,无需打断,直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个mRNA 分子的序列。全长转录组测序在可变剪接鉴定、基因融合鉴定、鉴定同源基因分析、非编码RNA 或等位基因研究领域有其独特的优势。

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产品名称

全长转录组测序                   

样品要求

RNA3μgRNA样品浓度300ng/μl

适用情况

真核物种

测序策略

PacBio RS II测序平台

推荐数据量

8G/16G                    

分析内容

测序Reads质量质控(QV

测序Reads聚类

转录本全长评估

基因结构优化

新转录本的预测

转录本功能注释

基因融合分析

可变剪接鉴定

等位基因分析(基于同一样本的二代数据)

非编码RNA及其靶基因预测

SSR分析

SNP分析(基于同一样本的二代数据)

CDS预测

项目周期

90天                  

1、全长转录组测序绘制Neurexins 可变剪接图谱
Cartography of neurexin alternative splicing mapped by single-molecule long-read mRNA sequencing. PNAS.
    神经细胞表面蛋白(Neurexins)是突触前细胞粘附分子,由Nrxn1–Nrxn3 表达产生6 种Neurexins (Nrxn1α–3α和Nrxn1β–3β),文章以成年小鼠脑前额叶外皮为材料,获得了Nrxn1α、3α 和Nrxn1β–3β,并对其进行SMRT建库测序,α-Neurexins 分为6 个SMRT cells, β-Neurexins 分为2-3 SMRT cells,测序获得Nrxn1α:151,776 raw reads;Nrxn3α:198,505 raw reads;Nrxn1β:56,449 raw Reads;Nrxn2β:73,637 raw reads;Nrxn3β:92,537 raw reads。分析校正了可变剪接位点Nrxn1αExon17,Nrxn3αExon16,并发现了新转录本,用于后续分析。

 

2、识别人前列腺癌中RLN1 和RLN2 的基因融合事件
Identification of a novel fusion transcript between human relaxin-1(RLN1) and human relaxin-2 (RLN2) in prostate cancer. Molecular and Cellular Endocrinology.
    猿和人类中,松弛素基因通过复制产生了2 种序列高度相似的松弛素基因,relaxin-1 (RLN1) 和relaxin-2(RLN2)。RLN1 和RLN2 在前列腺癌中共表达,因此缺乏对它们各自的研究和描述,文章通过PacBio SMRT sequencing 和RNA-seq 来研究前列腺癌细胞系中RLN1、RLN2 的表达差异;通过对全长转录本分析发现了RLN1 和2 例RLN1-RLN2 基因融合事件。

 

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