单细胞转录组测序( single-cell RNA-sequencing )是在单细胞水平对转录组进行扩增与测序的一项技术。其原理是将分离的单个细胞的微量转录组RNA进行扩增后进行高通量测序。

产品名称

单细胞转录组测序                   

样品要求

分离的单个细胞或微量细胞(1~1000个细胞)

适用情况

动物细胞

测序策略

Hiseq测序平台

推荐数据量

6/8/10/12G                    

分析内容

与参考基因组比对分析

基因结构分析

新基因分析

RNA-Seq整体质量评估

重复相关性检测(有生物学重复)

基因表达量分析

基因差异表达分析

差异表达基因的功能注释及富集分析(GO/KEGG

差异表达基因蛋白互作网络

DEU分析(需生物学重复)

 

项目周期

 55天                  

单个前列腺癌循环肿瘤细胞的转录组测序揭示抗雄激素抵抗中的非经典Wnt信号
RNA-Seq of single prostate CTCs implicates noncanonical Wnt signaling in antiandrogen resistance. Science.
    前列腺癌最初是因雄性激素被剥夺引起的,但是在复发性疾病中雄性激素受体(AR)抑制剂效果是变化的。文章对来自13 个人(6 个CTCs per 患者)的77 个完整的循环肿瘤细胞(CTCs)和来自4 个癌症细胞系的30 个细胞进行单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq),同时还对12 个原发肿瘤组织做了普通转录组测序,对差异表达基因做了聚类分析,发现单一前列腺CTCs 相比其他两个转录本水平具有更大的细胞异质性。

 

 

    同时,文章分析了三类细胞中列腺家系细胞、上皮细胞、间充质细胞、干细胞决定因子以及细胞增殖的标志基因表达情况。60% CTCs 细胞表达干细胞标志基因,如ALDH7A1, CD44, 和KLF4;47% CTCs 都表达细胞增殖相关基因。相比原发肿瘤,前列腺CTCs 细胞有711 个基因发生了过表达,并且富集到21 条信号通路中,这些信号通路涉及生长因子、细胞贴附以及激素信号传导。

 

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