目标区域捕获测序(Targeted Resequencing)指利用特制的探针对客户感兴趣的蛋白编码区域DNA或某段特定序列进行捕获,富集后进行高通量测序的基因组研究策略。目标区域DNA既可以是连续的基因组序列,也可以是非连续的独立位点或外显子序列,具有高度的灵活性、特异性及覆盖率的特点。有选择性(目标序列捕获)的深度测序是目前基因组研究的明智选择。目标区域捕获测序已广泛用于寻找候选区域的未知SNP、InDel及疾病易感位点的研究。

应用方向

 

采用Roche NimbleGen SeqCap EZ Choice Library目标区域捕获试剂盒进行捕获建库。

 

性价比高:针对感兴趣的区域及相关基因进行研究,非常适合大样本量及高测序深度的研究。
更高测序深度和覆盖度:对特定区域深入研究,得到更深的覆盖度和更高的数据准确性,更易检测罕见变异。
应用方向更多:适用于临床检测、大样本量验证、各种疾病的研究。
经验丰富:百迈客拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,测序质量可靠;拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。 

DNA样品要求:
样品类型:基因组DNA;
样品浓度:≥20 ng/μl; (Qubit定量)
样品总量:≥3.0 μg;(3次建库总量,不包括样品检测损耗, Qubit定量)
样品纯度:OD260/280为1.7~2.2;
电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解,无严重RNA、蛋白质污染。(距送样日最近的电泳结果)

测序策略:
Hiseq 双端测序
 
推荐深度:
 200-1000X,一般疾病或肿瘤研究
≥ 10000X,ctDNA研究等
 
项目周期:
探针定制60天,测序分析60天
 
 

 

 
案例一 区域捕获测序对非小细胞肺癌进行基因组学研究
 
本研究对81个非小细胞肺癌(NSCLC)相关基因以及40个人群遗传标记进行捕获测序,发现了位于编码区的227个非同义变异,其中24个样本中发现经典的驱动突变。CNV分析显示鳞状细胞癌在染色体3q出现明显扩增。并且,SMARCA4截短突变及其蛋白缺失主要发生在驱动阴性肿瘤中。
 
 
 
案例二 区域捕获测序揭示骨髓增生异常综合征/急性骨髓性白血病变遗传性及体细胞变异
 
本研究通过对来自有2个及以上亲属患有骨髓增生异常综合征/急性骨髓性白血病(MDS/AML)的17个家庭中59个体进行与遗传性MDS/AML 相关的12个基因区域捕获测序,其中5个家系鉴定出致病的种系变异GATA2 (R398W, T354W)、 RUNX1 variant (S388*)。应用靶向264个基因的捕获panel:recurrently mutated genes(RMG)检测与MDS/AML相关的新生体细胞突变,我们确定了4个与MDS/AML相关非种系基因突变。对26个家系中MDS/AML病例和无症状携带者进行外显子测序和RMG区域捕获验证RMG区域捕获检测到的低频率体细胞变异的正确性,鉴定了PDS5B、ASXL1体细胞突变、种系GATA2突变和在其他已知的MDS/AML驱动突变。并且,67%的年轻无病症RUNX1变异携带者存在造血克隆偏移,这一现象提供了可用于监测这些MDS/AML高风险家系的潜在生物标志物。
 
 
 
参考文献
1.Genomic Characterization of Non-Small-Cell Lung Cancer in African Americans by Targeted Massively Parallel Sequencing. J Clin Oncol. 2015
2.Genomic analysis of germline and somatic variants in familial myelodysplasia/acute myeloid leukemia.  Blood. 2015
 
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