全基因组重测序(Whole Genome Sequencing,WGS),是对全基因组进行测序扫描,能在全基因组范围内解读所有常见和稀有变异信息,进行单核苷酸多态位点(Single Nucleotide Polymorphisms, SNP)、插入缺失位点(Insertion Deletion, InDel)、结构变异(Structure Variation,SV)以及拷贝数变异(Copy Number Variation, CNV)深度挖掘,进而全面揭示基因组突变类型与染色体重排事件,对疾病机理研究、药物靶点筛选等具有指导意义。

应用方向

 

 
 

变异信息筛查全面:在全基因组范围进行变异筛查,相较于外显子测序只关注编码区变异更全面,尤其是复杂疾病研究。
变异类型检测全面:可以检测各种变异(SNP、InDel、CNV、SV),更有利于检测大片段结构变异。
经验丰富技术专业:百迈客采用标准化的处理和分析,保证数据准确性和分析可靠性。

DNA样品要求
样品类型:基因组DNA;
样品浓度:≥10 ng/μl;(Qubit定量)
样品总量:≥2.0 μg;(3次建库总量,不包括样品检测损耗, Qubit定量);
样品纯度:OD260/280为1.7~2.2;
电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解,无严重RNA、蛋白质污染。(距送样日最近的电泳结果)

测序策略
Hiseq 双端测序

推荐深度:
研究SNP和InDel,推荐30X(90G);
研究CNV和SV,推荐60X(180G),主要应用于肿瘤研究

项目周期:
60天

案例一 重测序揭示肿瘤发生过程中相关基因突变

本研究通过对22名食管腺瘤(EAC)患者进行基因组重测序,挑选出突变程度较高或者与食管腺瘤信号通路相关的26个候选基因进一步研究。对90名EAC,66名可能发生腺癌的巴雷特食管(NDBE)和39名高度异型增生的巴雷特食管(HGD)的26个基因进行靶向测序,发现EAC与NDBE大部分的突变相同,只有TP53和SMAD4在NDBE向HGD和EAC病变的阶段中出现特异性。

案例二 全基因组测序发现自闭症相关的调节性DNA序列变异
 
本研究对来自53个自闭症家系(1个先证者)共208例进行了全基因组测序,这些家系用外显子组测序和芯片并没有发现CNV或者新生突变。WGS研究结果揭示先证者中位于中枢神经系统DnaseⅠ高敏位点(即调节性DNA序列)区新生有害突变显著高于正常人。这些位点仅出现的自闭症已知的易感基因50kb范围内,比如ARID1B,SCN2A,NR3C2,PCKCA,DSCAM。另外本研究发现了一些外显子组测序没有发现的神经发育相关基因有害CNV和新生的小CNV,如DISC1和CANX。
 
 
 
参考文献
Ordering of mutations in preinvasive disease stages of esophageal carcinogenesis.Nat Genet.2014
Genome Sequencing of Autism-Affected Families Reveals Disruption of Putative Noncoding Regulatory DNA. Am J Hum Genet.2016
 
 
Copyright © 2009-2016 北京百迈客生物科技有限公司版权所有 京ICP备10042835号
公司地址:北京市顺义区南法信府前街12号顺捷大厦5层
Tel:400-600-3186; Fax:010-57045001 E-mail:tech@biomarker.com.cn