简化甲基化测序(Reduced representation bisulfite sequencing, RRBS)是主要针对CpG富集的区域的甲基化研究方法,它依据限制性内切酶酶切手段将DNA酶切成小片段,选取特定片段大小的序列进行甲基化测序分析,从而快速、高效地寻找出基因组中发生甲基化修饰的区域。可用以比较不同细胞、组织间的DNA甲基化修饰模式的差异。

技术路线:

 

产品名称

简化甲基化测序

样品要求

总DNA≥2ug;DNA样品浓度≥10 ng/ul;

适用情况

人、小鼠

测序策略

HiSeq PE125;HiSeq PE150

推荐数据量

3-5G

分析内容

测序深度及测序覆盖度分析
比对效率分析
Bisulfite转化效率评估
CpG碱基测序深度的累积分布
CpG类型甲基化位点鉴定
mC的甲基化水平
基因TSS上下游甲基化水平
CpG中甲基化C附近的9bp序列的序列特征分析
差异甲基化区域DMR筛选
DMR关联基因注释
DMR关联基因富集分析

项目周期

2个月

 

Nature:人类早期胚胎DNA甲基化图谱

研究者利用微量细胞DNA甲基化高通量测序技术首次解析了人类早期胚胎的DNA甲基化调控网络。结果发现,在受精之前,精子和卵细胞中的DNA甲基化程度都很高;而在受精之后,父母的表观遗传记忆都被大规模擦除,父源DNA去甲基化的速度快于母源DNA,到植入前的囊胚阶段,胚胎的DNA甲基化水平降到最低点。在人类卵母细胞中的非CpG位点上存在相对较高的DNA甲基化修饰,非CpG位点的甲基化可能参与调控基因转录。 

 

 

参考文献:Hongshan G, Ping Z, Liying Y, et al. The DNA methylation landscape of human early embryos.[J]. Nature, 2014,511(7511):606-610.

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