全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfate Sequencing, WGBS)是指利用重亚硫酸盐对基因组DNA进行处理,使未甲基化修饰的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶碱基,然后利用高通量测序在全基因组范围内检测甲基化位点,绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。通过全基因组甲基化测序可以全面了解动植物发育、抗逆过程中表观遗传差异的作用机理,为相关研究提供指导。

技术路线:

产品名称

全基因组甲基化

样品要求

总DNA≥2ug;DNA样品浓度≥10 ng/ul;

适用情况

有参考基因组物种

测序策略

HiSeq PE125;HiSeq PE150

推荐数据量

30×

分析内容

参考序列比对
测序深度统计
比对效率分析
Bisulfite转化效率评估
甲基化位点鉴定
全基因组甲基化图谱绘制
不同功能元件甲基化分布
CpG岛的基因注释
差异甲基化区域分析
DMR相关基因功能注释
DMR相关基因富集分析

项目周期

总数据量100G以内,2个月(每增加100G增加一周)。

 

nature biotechnology:番茄发育过程中的甲基化图谱揭示成熟与表观调控有关

研究者选取了番茄的两种成熟突变体(CNR和RIN)、野生型果实开花期后4个时间点( 17dpa、39dpa、42dpa、52dpa )以及叶片组织进行全基因组甲基化测序,比对结果发现,在野生型果实中,随着果实发育成熟,甲基化水平呈下降趋势。野生型果实发育过程中成熟基因启动子发生去甲基化,在成熟缺陷突变体中高甲基化。推断:基因组甲基化状态是抑制果实成熟的一个关键因素。

 

参考文献: Single-base resolution methylomes of tomato fruit development reveal epigenome modifications associated with ripening.

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