微量细胞LncRNA测序(single cell long noncoding RNA sequencing)是通过对微量细胞进行RNA测序及mRNA+LncRNA信息分析,获得微量细胞内的基因表达和LncRNA表达信息,可以解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,为科学家解析细胞的行为、机制及其与机体的关系等提供了新方法。

技术路线:

产品名称

微量细胞LncRNA测序

样品要求

总RNA≥10ng;RNA样品浓度≥2.5 ng/ul;

适用情况

有参考基因组的动物

测序策略

HiSeq PE125;HiSeq PE150

推荐数据量

10G、12G Clean data

分析内容

参考基因组比对分析
mRNA分析:
基因结构分析
基因表达定量
差异表达基因分析
差异表达基因的功能注释和富集分析
差异表达基因蛋白互作网络
DEU分析
PCA分析
lncRNA分析:
转录本拼接
已知lncRNA比对与统计
新lncRNA预测
lncRNA序列特征分析
lncRNA差异表达分析
lncRNA靶基因预测
差异lncRNA靶基因功能注释和富集分析
mRNA和lncRNA联合分析:
LncRNA和mRNA结构特征比较分析
基因共表达网络分析及靶基因预测
差异表达LncRNA-mRNA调控网络分析

项目周期

3个月

New Phytologist: 非编码测序研究矽藻对磷变化的应答机制


磷(Phosphorus,P)是所有活细胞的必需元素,海洋环境中P浓度一直不稳定。矽藻能在营养条件不佳的环境中适应生存并在营养物质浓度允许时重新开始生长。本研究使用链特异性RNA测序的研究方法对P波动环境下的矽藻进行研究,结果发现缺P培养4天后矽藻生长速率明显下降,测序结果-P样本中前20个上调的lincRNA中有18个lincRNA都是调节P吸收的,最后通过蛋白网络互作分析,找到一些参与缺P早期应答相关的一些信号基因及lincRNA。

 

 

参考文献: Noncoding and coding transcriptome responses of a marine diatom to phosphate fluctuations.

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