降解组测序是针对动植物中被剪切的mRNA进行的测序。通过对Small RNA与降解组的高通量测序,分析miRNA的表达差异,结合降解组信息分析确定miRNA的靶基因,确定miRNA的生物学功能。

技术路线:

产品名称

降解组测序

样品要求

总RNA≥20ug;RNA样品浓度建议介于100~200 ng/ul;

适用情况

有参考基因组或有转录组信息的样品

测序策略

HiSeq SE50

推荐数据量

8M Clean data

分析内容

样品间公共及特有序列分析
与相关数据库比对,分类注释非编码RNA
对已知miRNA进行靶基因预测
mRNA上的序列深度统计
降解位点分析及作图
miRNA靶基因功能注释(GO、KEGG)及富集分析

项目周期

2个月

BMC genomics:降解组测序鉴定大豆种子不同时期不同组织的小RNA的靶基因

动植物中miRNA主要是通过抑制或降解其靶基因从而对机体起调控作用,拟南芥、水稻等许多物种的miRNA靶基因已经通过转基因过表达或降解组测序进行了验证,而对大豆的miRNA靶基因的研究相对较少。本研究通过对不同发育时期的大豆子叶与种皮进行降解组测序研究大豆miRNA特异调节的靶基因,经比对分析发现183 个差异表达的靶基因,它们被53 个已知大豆miRNAs降解,其中25 miRNAs的靶基因在子叶中特异表达,12个miRNAs的靶基因在种皮中特异表达;与未成熟种子的子叶相比成熟后期种子的子叶中miRNAs的靶基因较多; GO注释表明miRNA靶基因在种子萌发过程中参与多种细胞过程。

 

 

参考文献:Identification of soybean seed developmental stage-specific and tissue-specific miRNA
targets by degradome sequencing.

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