Small RNA病毒鉴定是以宿主中sRNA为研究对象,利用small RNA测序快速鉴定侵染宿主的病毒组成的新兴技术。该方法突破了传统病毒鉴定技术的局限性,是一种发现新病毒、监控病毒变异的有效方法,在植物、动物及人体细胞的病毒鉴定均有实用意义。
技术路线:

产品名称

Small RNA 病毒鉴定

样品要求

总RNA≥1.5ug;RNA样品浓度≥250 ng/ul;

适用情况

动植物及真菌

测序策略

HiSeq SE50

推荐数据量

20M Clean data

分析内容

样品间公共及特有序列分析
与相关生物数据库比对,分类注释Small RNA
病毒序列拼接
病毒序列数据库注释
病毒种类和类型统计
拼接序列的分布统计
组装的contigs定量分析
病毒鉴定结果评估

项目周期

2个月

Molecular Plant Pathology:深度测序解析一种新发现的玫瑰叶莲座病病毒
研究者野玫瑰上发现了一种奇特的病症现象,该病症表现为:在野玫瑰藤条末端的叶和细枝处显著的发生小的叶子的分芽增殖,增殖生成的新的小叶不发生弯曲现象,荆棘未被着成红色且不会过度生长,这与以往观察的丛枝病病症、玫瑰叶莲座病病症显著不同,研究者对此很感兴趣,利用小RNA测序对有明显病症的玫瑰叶片进行研究,将测序得到的siRNA已知数据库进行比对后组装,共鉴定得到3种已知的病毒,分别为苹果茎沟病毒(ASGV)、黑霉褪绿斑病毒(BCRV)、李属坏死班病毒(PNRSV),且获得一种新的病毒,将其命名为玫瑰叶莲相关病毒(RLRaV),经系统进化分析,认为该病毒属于长线型病毒科线性病毒属成员,且与SCFaV、RLMV和CTV三种病毒亲缘关系较近。

 

 

参考文献:Deep sequencing reveals a novel closterovirus associated with wild rose leaf rosette.

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