Small RNA是一类重要的体内调节分子,主要包括miRNA、piRNA和siRNA。可参与基因转录后调控,调节细胞生长、分化,以及个体发育、生殖等重要生物学过程。基于第二代测序技术的small RNA测序,可以一次获得数百万条small RNA序列,能够快速鉴定出不同环境下已知和未知的small RNA及其表达差异,为研究small RNA的功能提供了有力工具。
技术路线:

产品名称

动植物miRNA测序        真菌miRNA测序           真菌siRNA

样品要求

总RNA≥1.5ug;RNA样品浓度≥250 ng/ul;

适用情况

动植物或真菌等有参考基因组或有转录组信息的样品

测序策略

HiSeq SE50

推荐数据量

10M、20M Clean data

分析内容

样品间公共及特有序列分析
与参考序列进行比对
与相关生物数据库比对
分类注释Small RNA
已知miRNA鉴定
新miRNA预测
miRNA特征分析
miRNA表达量分析
差异表达miRNA表达分析
miRNA靶基因预测
差异表达miRNA靶基因功能注释(GO、KEGG)及富集分析

样品间公共及特有序列分析
与参考序列进行比对
与相关生物数据库比对,分类注释Small RNA
真菌miRNA预测
miRNA特征分析
miRNA表达量分析
差异表达miRNA表达分析
miRNA对真菌基因的调控分析
miRNA跨界调控分析

样品间公共及特有序列分析
与参考序列进行比对
与相关生物数据库比对,分类注释Small RNA
真菌siRNA预测
siRNA特征分析
siRNA表达量分析
差异表达siRNA表达分析
siRNA对真菌基因的调控分析
siRNA跨界调控分析

项目周期

2个月

Gene:micoRNA分析揭示多鳍鱼目与副鳍鱼亚纲的亲缘关系


目前对多鳍鱼的形态学和分子学研究得较多,但是它的进化地位仍然难以确定,本研究通过检测多鳍鱼的microRNA对其的发育关系进行重新研究,通过小RNA测序在多鳍鱼中共发现了598个miRNA,鉴定到了5个真骨鱼(副鳍鱼亚纲)中所特有的miRNA, 3个(miR-551,miR-875和miR-1329)存在于副鳍鱼中的miRNA,同时,利用miRNA绘制的系统发育树显示多鳍鱼为基底副鳍鱼,而该系统发育树中其它物种的相对位置与已有的报道一致。

 

参考文献: Bichir microRNA repertoire suggests a ray-finned fish affinity of Polypteriforme

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