基因表达谱是通过新一代高通量测序技术和高性能的生物信息分析测定基因的表达量的技术,能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息,是用来研究某一生物对象在特定生物过程中基因表达差异的技术。通过对差异表达基因的功能注释和功能富集分析,为生物学研究提供分子水平依据。

技术路线:

产品名称

表达谱测序

样品要求

RNA1ugRNA样品浓度≥50 ng/ul

适用情况

有参考基因组或本物种的转录组信息

测序策略

HiSeq SE50

推荐数据量

10M20M Clean Reads

分析内容

1. 测序质量值分布统计;

2. 测序碱基质量控制;

3. 测序数据产出统计;

4. 与参考基因组比对分析;

5. RNA-Seq整体质量评估:测序随机性分析;测序饱和度分析;

6. 基因表达定量;

7. 重复相关性检测(有生物学重复);

8. 不同样品表达量对比(两个或以上样品);

9. 差异表达基因筛选(两个或以上样品);

10. 差异表达基因聚类分析(两个或以上样品);

11. 差异表达基因的功能注释及富集分析(两个或以上样品):差异表达基因GO功能富集;差异表达基因COG分类;差异表达基因KEGG注释;差异表达基因KEGG通路富集分析;

12. 差异表达基因蛋白互作网络分析。

注:客户需提供参考基因序列、基因注释结果

项目周期

标准信息分析项目40天,个性化分析项目周期需根据分析需求另行评估。

Plant Physiology:转拟南芥EDT1/HDG11基因的水稻干旱耐受性研究
    干旱是限制植物生长的重要环境因素,在增加作物干旱耐受性的同时不降低作物产量是目前研究一大难题。本研究发现将拟南芥EDT1/HDG11(同源结构域-亮氨酸拉链转录因子)转入水稻获得的转基因植株既有抗旱性,同时也提高了产量。提高的抗旱性具有大量的根系、较低的气孔密度和更高的水分利用率。在干旱处理条件下,转基因水稻的ABA和脯氨酸含量水平,活性氧清除酶活性比野生型水稻高。转基因水稻产量的增加是由于结籽能力的提高、更大的花序、分蘖能力提高和更高的光合作用导致的。基因表达谱分析发现EDT1/HDG11对转基因水稻基因表达有重大影响,这些基因表达差异与表型是一致的。

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