全长转录组测序,即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究,因其可直接获得从5’端到3’端的高质量转录组信息而被称为全长转录组测序。全长转录组测序无需进行转录本组装,可直接获得单分子全长mRNA信息,同时可对基因的可变剪接、融合基因、非编码RNA和等位基因进行准确鉴定。
技术路线:

产品名称

全长转录组(有参)                         全长转录组(无参)

样品要求

总RNA≥1ug;RNA样品浓度≥300 ng/ul;

适用情况

所有真核物种(有参考/无参考基因组物种)

测序策略

PacBio RS II测序平台

推荐数据量

6G 、8G、12G、20G Clean data。

分析内容

测序Reads质量质控(QV)
测序Reads聚类
转录本全长评估
基因结构优化
新转录本的预测
转录本功能注释
基因融合分析
可变剪接鉴定
等位基因分析(基于同一样本的二代数据)
非编码RNA及其靶基因预测
SSR分析
SNP分析(基于同一样本的二代数据)
CDS预测

测序Reads质量质控(QV)
测序Reads聚类
转录本全长评估
转录本功能注释
非编码RNA预测
SSR分析
SNP分析(基于同一样本的二代数据)
CDS预测

项目周期

90天

PNAS :2代+3代测序研究人类胚胎干细胞转录组


人胚胎干细胞 hESC 细胞系是被广泛研究的细胞系,本研究对hESC 细胞系采用2代和3代联合测序的方法,发现新转录本2103个和新基因273个,其中32%新基因在hESC中特异表达,这些基因可作为新分子标志物的候选基因;并且其中91.18%的基因只有一个或两个转录本优势表达,证实基因在不同环境和组织中表达不同的转录本发挥作用。 另外,精确预测到111个LncRNA,并对其表达丰度、长度等做了分析;使hESC数据库更完善。

 

 

参考文献:characterization of the human ESC transcriptome by hybrid sequencing .

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