转录组测序(Transcriptome Sequencing)是对某一物种特定时间点或特定条件下的mRNA进行高通量测序。转录组测序能够动态反映基因的转录水平,同时可鉴定和定量稀有转录本和正常转录本,并且提供样品特异的转录本序列结构信息。

技术路线:

产品名称

真核有参转录组        真核无参转录组         真核链特异转录组

样品要求

总RNA≥1ug;RNA样品浓度≥50 ng/ul;

适用情况

所有真核物种(有参考/无参考基因组物种)

测序策略

HiSeq PE125;HiSeq PE150

推荐数据量

6G 、8G、10G、12G Clean data。

分析内容

与参考基因组比对分析
基因结构分析
新基因分析 
RNA-Seq整体质量评估
重复相关性检测(有生物学重复)
基因表达量分析
基因差异表达分析
差异表达基因的功能注释及富集分析(GO/KEGG)
差异表达基因蛋白互作网络
DEU分析(需生物学重复)

测序数据组装 
Unigene功能注释
CDS预测
SSR分析
SNP分析;
RNA-Seq整体质量评估
重复相关性检测(有生物学重复);
基因表达量分析
基因差异表达分析
差异表达基因的功能注释及富集分析(GO/KEGG)
差异表达基因蛋白互作网络

与参考基因组比对分析
基因结构分析
新基因分析 
鉴定反义转录本
RNA-Seq整体质量评估
重复相关性检测(有生物学重复)
基因表达量分析
基因差异表达分析
差异表达基因的功能注释及富集分析(GO/KEGG)
差异表达基因蛋白互作网络
DEU分析(需生物学重复)

项目周期

有参45天,无参60天

Plant Cell:激光捕获显微切割玉米组分的RNA-seq鉴定胚乳分化相关的调控模块
    胚乳是被子植物中一种可吸收营养的组分,以供胚芽发育或种子萌发。在谷物中胚乳是全球食品、饲料和工业原材料的主要来源,然而,调控胚乳细胞分化的基因网络在很大程度上是未知的。为了描述这些基因网络,首先研究了胚乳的5种细胞类型、1种胚芽和4种母系组分的mRNA表达情况。通过比较发现籽粒和母系组分有着不同的表达模式,并且胚芽和胚乳的糊粉层有着更高的关联性。通过基因共表达网络分析鉴定到了与细胞类型相关的共表达模块,模块内富集了已有研究的一些印记基因和时序活化的基因。深入分析与胚乳传输层相关的模块鉴定到该模块的关键调控基因MRP-1,它调控胚乳传输层的分化和功能。这些研究为玉米籽粒不同组分基因活性提供了高分辨率的网络集,有助于主要胚乳细胞类型分化的调控模块的研究。

 

参考文献:RNA Sequencing of Laser-Capture Microdissected Compartments of the Maize Kernel Identifies Regulatory Modules Associated with Endosperm Cell Differentiation

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