由于同一个物种的基因组序列之间可能有很大的差异,不仅包括很多的单核苷酸多态性差异,同时还有数量众多的特有基因片段。因此,以一个基因组为模板的分析不能全面的反应物种基因水平的全部遗传信息,尤其是在研究同一物种中差异巨大的不同亚种或者变种时,此类特有片段的差异往往要比共有片段中的差异更为重要。在玉米、水稻、柑橘、人等基因组项目中,此种片段差异已经得到了证明。因此,为了能够更好的进行群体遗传学和育种研究,我们需要根据物种的情况构建泛基因组,分析核心基因和非必要基因的基本情况,并从特有基因序列的角度来研究物种内的差异。
承诺指标
简单基因组测序覆盖度不低于80倍;
Contig N50≥30K;scaffold N50≥300K。

复杂基因组测序覆盖度不低于100倍;
Contig N50≥20K;scaffold N50≥200K。
项目周期
泛基因组项目周期为5个月(≤4个样品),每增加1个样本增加1个月;

 

分析内容
泛基因组组装:
a)组装;
b)GC含量分析;
c)测序深度分析;
d)通过参考基因组构建super-scaffold;

泛基因组结构注释:
a)核心基因预测;
b)非必要基因预测;
c)核心基因组预测;
d)非必要基因组预测;
e)重复序列注释;
f)Non-coding RNA注释;

 

基因功能注释:
a)Nt注释分析;
b)Nr注释分析;
c)KEGG代谢通路分析;
d)COG分析;
e)GO注释(Gene Ontology);
f)TrEMBL注释分析;

 

 

比较基因组学分析:
a)分析不同亚种的特有基因和基因家族的数量、功能;
b)构建系统发育树;
c)估算分化时间(需要有化石标定);
d)基因组共线性分析;

 

 

基于泛基因组的多态性标记检测(包含相似的基因区域和高度差异的基因区域):
a)SNP检测;
b)Small InDel检测;
c)SV检测;
d)CNV检测;
e)PAV检测。

样品类型:基因组 DNA 样品;
样品需求量:≥15µg(Qubit定量)。
样品浓度:≥50ng/ul(Qubit定量);
样品纯度: OD 260/280 介于1.7 ~ 2.2;OD260/230≥0.5;260吸收峰正常不偏移;无蛋白质、 RNA 污染或肉眼可见杂质污染;
完整性:主带清晰,无降解或轻度降解。
若提供组织样品,则植物样本需为无菌黄化苗、组培样品或嫩叶;动物样本为肌肉、血液等脂肪含量较少的组织。尽量选择同一个体取样,以减少个体差异性对后续拼接的影响。

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