随着高通量技术的提高,测序成本的下降,越来越多的物种基因组序列被测定,但越来越多的物种因为难以构建遗传群体,而无法获得遗传图谱,所以大多数的物种没有组装到染色体水平。
    Hi-C是染色质区域捕获(Chromosome conformation capture)与高通量测序(High-throughput sequencing)相结合而产生的一种新技术。该技术可以利用单个个体就可以将基因组序列定位到染色体水平,从而进行染色体水平的研究。现在已经证明Hi-C技术在人、小鼠、果蝇、拟南芥等基因组辅助组装中取得了较好的效果。
百迈客成功案例
百迈客与国内顶级Hi-C研究团队华中农业大学建立联合实验室,一起研究开发Hi-C技术,实现了应用单个个体即可将基因组序列组装到染色体水平的目标。
以下物种已成功实现了染色体定位:

 

物种

基因组大小

定位到染色体上的序列大小

定位到染色体上的序列比例

定位到染色体上序列的正确率

水稻

372.3Mb

368.6Mb

99.90%

99.40%

2886.5Mb

2884.1Mb

99.92%

99.41%

 

下图是定位到基因组染色体的效果图:

 

 

99.9%的水稻基因组序列定位到染色体99.9%的人基因组序列定位到染色体
承诺指标及周期
测序深度不低于30×;
将90%的基因组序列定位到染色体;
3个月内完成测序及分析。
样品要求
动植物样品需要提供活体,且组织量在10g以上,动物全血要求在10ml以上(详情咨询本公司技术人员)。

1)实验流程
Hi-C测序实验流程主要包括细胞交联、内切酶酶切、末端修复、环化、DNA纯化及捕获和上机测序等步骤。实验流程见下图:

 

2)文库构建及测序
样品检测合格后,进行文库构建,主要流程如下:
(1)细胞交联:利用甲醛将样品固定,保存细胞内蛋白与DNA、DNA与DNA之间进行交联,保存其相互作用关系,维持细胞内的3D结构;
(2)内切酶酶切:利用不同限制性内切酶将DNA进行酶切,使交联两侧产生粘性末端,保存互作关系之间的距离关系和互作频率,一般使用Hind III;
(3)末端修复:利用末端修复机制,引入生物素标记的碱基,便于后续DNA纯化和捕获;
(4)环化:将末端修复后的DNA进行环化,将含有互作的DNA片段之间进行环化,确保后续测序和分析过程中确定互作DNA的位置;
(5)DNA纯化和捕获:将DNA解交联,纯化DNA,破碎为300bp-700bp的片段,利用链亲和素磁珠捕获含有互作关系的DNA片段进行文库构建。
(6)上机测序:库检合格后,应用IlluminaHiSeq测序平台进行上机测序。
3)分析流程
Hi-C测序辅助基因组组装分析流程如下图所示。

 

 

Copyright © 2009-2016 北京百迈客生物科技有限公司版权所有 京ICP备10042835号
公司地址:北京市顺义区南法信府前街12号顺捷大厦5层
Tel:400-600-3186; Fax:010-57045001 E-mail:tech@biomarker.com.cn