在已有基因组组装的情况下,通过构建BioNano光学图谱来提高基因组的组装效果,可大幅提高scaffold N50的长度,减少scaffold的数量。同时对已组装的基因组进行纠错处理,还可以对大片段结构变异(SV)进行检测。

 

产品优势
1)提升基因组scaffold N50;
2)可以对已组装基因组进行纠错。
百迈客成功案例
我们应用光学图谱对某植物及水产动物的基因组组装结果进行了提升,效果极其显著,并且结果还有很大的提升空间,并对组装结果进行纠错处理。

 

物种

基因组大小

技术方法

应用前

应用后

某植物

485Mb

BioNano

scaffold N50=1.97Mb

scaffold N50=4.33Mb

某水产动物

1.02Gb

BioNano

scaffold N50=3.1Mb

scaffold N50=6.8Mb

 

承诺指标及周期
测序效果:物理覆盖度不低于150X;
原基因组Contig N50 30K,Scaffold N50 0.8~1.2M:提升至3M;
原基因组Contig N50 30K,Scaffold N50 >1.2M:提升至5M。
光学图谱辅助组装的周期为4个月。
样品要求
光学图谱样品要求为组织样,植物为黄化饥饿、幼嫩组织或新抽嫩叶,样品量在15g以上;动物组织量在15个以上;全血在10ml以上。

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