针对已有基因组序列的物种,加入三代测序数据,对组装结果进行更新,能够提高contig N50和scaffold N50指标,大幅度提高基因组组装质量,为后续研究建立良好的基因组基础。
产品优势
1)加入10-15×PacBio数据,对基因组组装结果优化,提高组装质量;
2)加入20×以上的PacBio数据,不但可以提高基因组组装指标,还能大幅度提高基因组组装完整性。

百迈客成功案例
以下几个是加入三代测序数据提升基因组质量的典型案例:

 

物种

方法

组装指标

应用前

应用后

某蛛形纲动物

Illumina+PacBio

Contig N50=85Kb

Contig N50=423Kb

某水产动物

Illumina+PacBio

Contig N50=19Kb

Contig N50=72Kb

某果树

Illumina+PacBio

Contig N50=50Kb

Contig N50=86Kb

某四倍体植物

Illumina+PacBio

Contig N50=12Kb

Contig N50=57Kb

某超复杂水产植物

Illumina+PacBio

Contig N50=12Kb

Contig N50=26Kb

某高重复林木

Illumina+PacBio

Contig N50=22Kb

Contig N50=202Kb

 

承诺指标及周期
三代数据基因组覆盖度不低于10X;
contig N50提升50%;
项目周期为3个月;2G以上基因组需增加1个月。

样品类型:基因组 DNA 样品;
样品需求量:≥30 µg(Qubit定量);
样品浓度:≥50ng/ul(Qubit定量);
样品纯度: OD 260/280 介于1.8 ~ 2.0;2.0≤OD 260/230≤2.2,260吸收峰正常不偏移;无蛋白质、RNA污染或肉眼可见杂质污染;
完整性:主带清晰,无降解或轻度降解,条带长度大于23Kb。
若提供组织样品,则植物样本需为无菌黄化苗、组培样品或嫩叶;动物样本为肌肉、血液等脂肪含量较少的组织。动植物组织量要求在5g以上,全血要求15ml。
注:需从同一个体取样,预防由于个体差异对后续拼接造成的影响,如无选取同一个体的条件,须同百迈客技术人员沟通决定取样方式。

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