基因组de novo测序即基因组从头测序,是指对基因组序列未知或没有近缘物种基因组的某个物种的全基因组序列进行测序。然后对测序序列进行拼接、组装和注释,从而获得该物种完整的基因组序列图谱。并与近缘物种进行比较基因组和进化分析,对遗传育种及系统进化以及重要功能基因组挖掘有重要的研究意义。
在已知基因组大小、难度等基本情况下,或者有调研图结果的情况下,直接开始基因组精细图组装。进行基因组组装和基本分析,快速获得优质基因组序列,为该物种的后基因组学研究奠定基础。
成功案例
百迈客在基因组组装上有着非常丰富的项目经验,现已对100余个基因组进行组装并进行后续的比较和功能分析研究。
下面是几个不同类型基因组的组装案例:

物种

组装结果

某哺乳动物

Contig N50=264Kb;Scaffold N50=17.2Mb

某水产动物

Contig N50=47Kb; Scaffold N50=4.92Mb

某中草药

Contig N50=45Kb; Scaffold N50=2.26Mb

某果树

Contig N50=97Kb; Scaffold N50=1.74Mb

鸟类(1.2%杂合)

Contig N50=78Kb; Scaffold N50=7.24Mb

承诺指标
单碱基错误率不高于十万分之一;
简单基因组:整体覆盖度不低于150×;Contig N50≥40Kb;Scaffold N50≥2Mb;
复杂基因组:整体覆盖度不低于200×;Contig N50≥30Kb;Scaffold N50≥1Mb;

项目周期
简单基因组3个月,复杂基因组4个月,超过5G基因组5个月。

 

分析内容
1)基因组组装;
2)基因组注释:
重复序列注释;编码基因预测;
非编码RNA预测;假基因注释;功能基因注释;

 

3)比较基因组学和进化分析:
基因家族鉴定及聚类分析;
系统发育进化树构建;
物种分化时间估算;
基因组共线性分析;
特有基因区域检测;
基因家族的扩张和收缩。

 

基因组 DNA 样品(必须与调研图为同一个体);
样品需求量:≥50 µg(Qubit定量);
样品浓度:≥50ng/ul(Qubit定量);
样品纯度: OD 260/280 介于1.7 ~ 2.2;OD260/230≥0.5;260吸收峰正常不偏移;无蛋白质、RNA污染或肉眼可见杂质污染;
完整性:主带清晰,无降解或轻度降解。
若提供组织样品,则植物样本需为无菌黄化苗、组培样品或嫩叶;动物样本为肌肉、血液等脂肪含量较少的组织。动植物组织量要求在5g以上,全血要求25ml。
需从同一个体取样,预防由于个体差异对后续拼接造成的影响,调研图和精细图也需要从同一个体取样;如无选取同一个体的条件,须同百迈客技术人员沟通决定取样方式。

百迈客自2013年承担基因组研究项目100余项,在林木、花卉、中草药、水产、哺乳及鸟类等类型上都具有非常丰富的项目经验。

 

 

参考文献
Shengxiong Huang,et al.Draft genome of the kiwifruit Actinidia chinensis.Nature Communications 4: 2640 (2013).

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