宏基因组( Metagenome)(也称微生物环境基因组Microbial Environmental Genome, 或元基因组)。是由Handelsman等1998年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因组,目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。而所谓宏基因组学就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法,解读微生物群体多样性与丰度,探求微生物与环境,微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因。

1、样品类型:环境微生物DNA样品

2、样品浓度:DNA≥30ng/μl

3、样品质量:DNA≥2μg

牛瘤胃宏基因组测序分析

 本篇文章研究材料为多年冻土层、季节性融化的表层和热喀斯特沼泽三个环境样品,通过微生物多样性、宏基因组、宏转录组测序手段进行联合分析,通过分析联合分析结果对三个不同环境样品中微生物群落的组成以及样品中重要功能基因的活性进行研究,发现在沼泽样品中产甲烷的代谢最为活跃,并对三个产甲烷细菌进行了基因组的组装。

 

 

 

MT/MG数据分析不同样品中不同代谢途径

 

参考文献:Jenni Hultman. et al. Multi-omics of permafrost, active layer and thermokarst bog soil microbiomes. Nature 521, 208–212

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