泛基因组是指同种细菌/真菌不同菌株所有的遗传信息的集合,可分为核心基因组(Core genome)和附属基因组( Accessory genome)两部分,其中核心基因组包括了一个细菌种内绝对多数菌株中都存在的所有基因,这些基因决定了这一细菌内几乎所有个体都具有的基本功能和表型特征,如病原菌的感染以及在自然宿主细胞内存活、繁殖和复制等。细菌泛基因组可以更全面地在基因组水平上揭示细菌种内个体间的遗传多样性,进一步探寻个体间的系统发生关系和个体间表型差异的遗传基础。

1、样品类型:细菌DNA样品;

2、样品浓度:DNA≥50ng/μl;

3、样品总量:DNA≥2μg;

    该文章研究选取了38株军团杆菌分离株进行基因组测序,平均测序深度为606X,构建了完整的细菌和质粒基因组序列,基因组大小为2.37-4.82M,得到了完整的基因组信息进行了进化分析、编码基因预测、效应蛋白预测等分析。

 

 

 

军团杆菌进化树构建

 

参考文献: David Burstein et al. Genomic analysis of 38 Legionella species identifies large and diverse effector repertoires. Nat Genet. 2016 Jan 11

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