LncRNA测序

lncRNA的预测包含基本筛选和潜在编码能力筛选两部分。百迈客综合目前应用广泛的编码潜能分析方法对候选lncRNA进行进一步的筛选，主要包括：CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白结构域分析四种方法，目前采取逐级筛选的方法，最终鉴定得到的noncding transcripts用于后续lncRNA分析。为直观展示分析结果，将4种分析软件逐级筛选后的lncRNA进行统计，做维恩图。

经过四种软件预测筛选后，对最终得到lncRNA种类及占比情况进行统计，根据lncRNA相对于附近编码基因的位置将其分为lincRNA、Antisense-lncRNA、Intronic-lncRNA、sense_lncRNA这4类lncRNA，这些lncRNA对编码基因的调控方式不同。lincRNA更可能通过顺式方式干扰转录。Antisense-lncRNA可能在转录水平调控基因表达。

在生物体内，不同的基因产物相互协调来行使生物学功能，对差异表达lncRNA反式靶基因的注释分析有助于进一步解读基因的功能。KEGG数据库是关于Pathway的主要公共数据库，GO数据库分类总结了基因的生物学功能，对差异表达lncRNA靶基因在KEGG、GO数据库中的注释结果进行富集分析。

lncRNA与mRNA在不同比对分析组合中的表达情况间接的表现了lncRNA和mRNA在某一生物时间段的表达关系，对差异表达lncRNA和mRNA表达量和在染色体上的分布的交互式分析，绘制相应的火山图和MA图。